Сюжет Silent Hill 3 тесно переплетается с событиями, о которых рассказано в первой части культовой серии, в то время как он не привязан ко второй части, за исключением сцены. Игра построена вокруг обычной семнадцатилетней девушки по имени Хизер, которая является приемной дочерью Гарри Мейсона, в начале игры пробуждается от страшного кошмара. Но это был только сон - и вот героиня спокойно сидит в кафе и любуясь красноватое свечение заката. Она спешит домой, где его ждет отец, который беспокоится о ней.